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Script install_lmdz.sh

Script d'installation automatique de LMDZ (avec ou sans Orchidée) sous linux avec gfortran

En bref

Le script, install_lmdz.sh permet de récupérer le code source LMDZ ainsi que les codes sources d'une version du code de modélisation des surfaces continentales ORCHIDEE et  les librairies nécessaires à la compilation et  l'exécution du code. Ce script se trouve dans l'espace de distribution de LMDZ dans le répertoire pub.

Le même répertoire contient également le fichier LISMOI.trunk donnant quelques informations sur le script. Le script lui-même est documenté dans son l'en-tête.

Le script d'installation install_lmdz.sh enchaine automatiquement les étapes nécessaires pour installer le modèle et se charge non seulement d'installer préalablement les librairies (IOIPSL et NetCDF) requises en plus du modèle, mais réalise également une simulation test permettant de s'assurer du bon déroulement de l'installation.

Idéalement, il suffit de récupérer le fichier install_lmdz.sh et de l'exécuter sur la machine sur laquelle on souhaite installer le modèle. Par exemple, vous pouvez taper les commandes :

wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/pub/install_lmdz.sh
chmod +x install_lmdz.sh
./install_lmdz.sh

 

Exemples d'exécution du script

  1. Pour afficher l'aide du script:
    ./install_lmdz.sh --help
    install.sh DEBUT mardi 30 avril 2019, 13:08:17 (UTC+0200)
    install.sh DEBUT mardi 30 avril 2019, 13:08:17 (UTC+0200)
        ./install_lmdz.sh [ -v version ] [ -r svn_release ]
               [ -parallel PARA ] [ -d GRID_RESOLUTION ] [ -bench 0/1 ]
               [-name LOCAL_MODEL_NAME] [-gprof] [-opt_makelmdz]
    
        -v       "version" like 20150828.trunk 
    ....
  2. Pour installer une révision SVN spécifique du code LMDZ (ici la révision 3254):
    ./install_lmdz.sh -r 3254
    install.sh DEBUT mardi 30 avril 2019, 13:11:32 (UTC+0200)
    ################################################################
    Choix des options de compilation
    ################################################################
    ./LMDZtrunk3254
    ....
  3. Pour installer la configuration 1D du code LMDZ:
    ./install_lmdz.sh -SCM
    install.sh DEBUT mardi 30 avril 2019, 13:13:55 (UTC+0200)
    ################################################################
    Choix des options de compilation
    ################################################################
    ./LMDZtrunk
    ....

Remarques en vrac

  • Le script install_lmdz.sh (un script bash) est en l'état calibré pour compiler le modèle (et les librairies attenantes) en utilisant le compilateur gfortran, et en utilisant un certain nombre de commandes et outils standards (gcc,  wget, gunzip, tar, ...).
  • La version de LMDZ rapatriée (et installée) par le script est une version figée à une date donnée (voir la variable version dans le script, qui permet de choisir la version, dans la mesure ou le fichier correspondant modipsl.version.tar.gz est également disponible dans la répertoire http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/pub/src ). Les changements significatifs entre les différentes versions, ainsi que la correspondance entre versions proposées et numéro de révision SVN des sources, sont récapitulées dans le fichier Readme disponible dans ce même répertoire (http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/pub/src/Readme).
  • Pour modifier quelques options d'installation, par exemple le répertoire dans lequel sera mis le modèle ou pour inhiber la compilation des librairies IOIPSL et/ou NetCDF, il faut modifier les variables prédéfinies et documentées dans le script install_lmdz.sh. On peut de même choisir quel compilateur utiliser (par défaut gfortran) en modifiant la variable "compilo=gfortran" du script (actuelement compilo=g95 , compilo=pgf90 et compilo=ifort sont les alternatives prévues)
  • Le script makelmdz est adapté et utilisé pour compiler le modèle et peut ensuite être réutilisé. Ceux qui installent le modèle sur un PC Linux en local peuvent également utiliser le script fcm makelmdz_fcm . Dans ce cas le nom de l'architecture associée est simplement 'local' (rappel: faire 'makelmdz_fcm -h' pour obtenir l'aide). IMPORTANT: Ce n'est qu'à partir de la révision svn 1578 (donc du 'paquetage'  20111103.trunk), que FCM est inclu dans la distribution des sources du modèle.
  • Pour ceux intéressés par la perspective de faire tourner le GCM en mode parallèle sur leur PC Linux multicoeurs, quelques indications et commentaires sont rassemblés ici.

 

Mots-clés associés : installation
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