12/11/2012
Compte rendu du Point Hebdomadaire LMDZ du 12/11/2012
Durée: 2h25
Ehouarn
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LMDZ en bref est parti (soucis sur la liste LMDZ).
En préparation de la formation :
* Compile avec pgf : compile mais NaN de partout.
Sans doute problème avec la fonction erf.
* Avec ifort ca marche tout seul ! Mais pas en parallèle.
Le compilo était plus exigeant. Commission faite.
Prêt à se battre avec dyn3dmem
Marie-Alice est prêt à aider à rendre le parallèle plus facilement
utilisable en batch c'est à dire à documenter les commandes à lancer
et les entêtes des jobs associés. Voir : https://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/IntegrationOpenMP le paragraphe commandes et entêtes des différentes machines.
Aymeric a repéré que les perf sur ciclad sont déplorables à moins
de ne pas utiliser la librairie blas.
A tester en local.
Regarde les spectres d'énergie en fonction de la dissipation.
Utilise spherepack. Fortran pour résoudre des EDP sur la sphère.
Sonia
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Est en train de développer des outils de surveillance des simulations.
Marie-Alice
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Rien fait sur LMDZ
S'est inscrite au cours pour bloquer trois jours.
Demain réunion Escii au LSCE
Cours organisé sur libigcm/modipsl. Une 3eme version en anglais
le 29 nov
Formation programmée sur le suivi des simulations.
Catherine
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Revient d'une semaine à Washington. Workshop sur les sites instrumentés
autour des aérosols/pluies/nuages.
2,5 jours de discussion.
6 grandes questions :
* distribution des aérosols pour les 15 dernières années
* Couplage entre micro-physique/dynamique du nuage/ nuages
* vapeur d'eau / grande échelle/ organisation
* Couplages nuages / pluie / surface
* Réponse des nuages et des PDFs de pluie au réchauffement.
Homogénéisation des jeux de données, format CMIP5.
Généralisation de l'utilisation des LES sur les sites.
Commencer à le faire sur le site des grandes plaines.
Pub pour la campagne goamazon
Panique pour la formation (cf. plus bas)
Demain réunion tropiques/convection 1D.
Lionel
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A mis un script en shell et en python pour faire des différences de .def.
Abderrahmane
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A mis à disposition une nouvelle table de simulations avec le
déclenchemement stochastique.
Tests avec Jean-Louis sur Cosp.
Jean-Yves et Abderrahmane vérifie ndayrain (pour répondre à une demande
lmdz-svp).
Adriana
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En train de développer une version d'Inca qui ne tourne qu'avec la
poussière.
Règle les sorties LMDZ.
Laurent
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Fini le phasage de dyn3dmem avant les vacances.
Frédéric
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RAS
Jean-Yves
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S'est battu avec le lessivage des aérosols par les précipitations
de grande échelle.
La formulation qui était avec des pré-calculs dans fisrt est fausse.
A côté : modèle d'Olivier Boucher. Plus approché mais OK.
A modifié la lecture de config.def dans phytrac (pour changer les
fichiers)
TWPice : mesures de berylium à Darwin dans le domaine TWP-ice !!!
En plus le modèle fait pareil !!!
Marie-Pierre
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A terminé les simulations du cas AMMA
Fleur les a reçus.
En train d'analyser les 268 fichiers.
RRTM : a fait tourné les runs LMDZ.
Corrriger l'appel à iniphysiq pour le 1D.
Suivi des actions en cours !
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Performance en parallèle
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* Marie-Alice pense que OpenMP ne permet pas toujours d'accélérer: Il faut être
attentif au placement des tâches sur les coeurs de calcul pour être efficace
avec OpenMP. Cela sur toutes les machines comme curie et ses consoeurs. Si on se
trompe OpenMP peut ne pas accélérer.
* Frédéric sature à une accélération d'un facteur 3 sur 8 coeurs.
* Clarifier le fonctionnement de adjust.
Portage :
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Faire tourner sur pgf90 (erf ?)
Faire tourner sur mac.
Communication
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Création d'une liste lmdz-users/
Développement du modèle.
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Réécrire physiq.F
Réécrire petit à petit certaines routines en les documentant et
en les passant en F90.
Phase glace
Faire une réunion fisrtilp.
Inclure les isotopes.
Dans la dynamique à mémoire limitée.
Puis inclure les fichiers en options.
Réorganiser les sources dans des sous répertoires de la physique ?
iniaqua
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Parallélisation + inclure en appel dans inifis ou autre.
Orchidee
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passer à la version trunk dans install.sh quand elle sera validée
pour Choinel
Mise à disposition des champs de guidage
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Pour les états initiaux : être capable d'interpoler les champs
atmosphériques à partir des simulations
Lancer une réflexion autour de l'initialisation des modèles de surface.
Sans doute 300 Go pour 30 ans en 144x142x39 (MR).
Mettre à disposition les champs NCEP.
Sur une base mensuelle, les start (y compris sechiba) et les fichiers
de guidage.
Créer des répertoires sur le site lmdz.
(Frédérique, Lidia, Anne Cozic, Frédéric)
Formation LMDZ
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* Salles : celle de l'UFR + salle de réunion.
* Quelle version : Créer une testing pour install.sh
* Tester les TDs (Frédéric)
* Lancer les repas (Marie-Pierre & Catherine)
* Proposer aux utilisateurs de mac d'installer linux sous virtual box
* Marine, Jeremy et Benjamin sont intéressés à aider sur les TPs.
* Deux sessions : 26/27 novembre en français et janvier en anglais.
28 inscrits pour la formation en Français + 19 pour la formation
Passer les fichiers de LMDZ sous licence Cecill
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Faire en sorte que install.sh pause une question au premier coup.
Ajout d'une sous surface pour les lacs :
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A faire.
Problèmes de dates dans les fichiers de sorties
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Problèmes de dates dans les AMIP de Lidia et les aquaplnètes
d'Abderrahmane.
Problème dans les fichiers de la dynamique identifié par Lionel.
Lecture des PFTs :
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2012/03/05 : procédure.
Historical distribués OK
Regarder le max des PFT 12 et 13
On voit l'évolution des terre agricoles.
En monitoring par défaut dans le couplé.
Pas disponible pour le moment dans les AMIP LMDZ.
Il faut refaire tourner le monitoring (Abderrahmane).
Disposer d'un diagnostic permettant de vérifier qu'on a fait ce
qu'on croyait en terme de forçage des PFTs (Laurent).
Vérification faite sur les historical et RCP IPSLCM5A
A faire sur les AMIP IPSLCM5A et sur tous les IPSLCM5B.
Ajouter El Nino.
Conservation avec la nouvelle physique :
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2012/03/05 : travail en cours (Frédéric cf plus haut).
A regarder.
Lien avec les problèmes identifiés en 1D.
Problème identifié dans les sorties, en 1D.
Prochaine testing :
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Nouvelle testing : svn1628
1+1=2 :
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Ionela reprend la partie poches et convection de la nouvelle phys.
Ehouarn reprend la partie dissipation.
OK avec ancienne physique à partir de svn1626
A faire : convection et poches (OK pour MY et thermiques).
Problème avec la dissiation : Ehouarn
A automatiser dans cretion_modipsl.sh (Frédéric)
Réintégrer les sources dyn3dpar à mémoire réduite de Yann :
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2012/03/05 : Laurent a récupéré les sources.
Laurent prend la main.
Discuté avec Yann. Il s'en occupe dans 15 jours si on lui envoie un bench. (Josefine s'occupe du bench).
Josefine a envoyé un bench pour le guidage.
create_etat0_limit
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2012/06/11 : tester ce0l.e avec le dernier gfortran
2012/03/05 : Josefine va faire en sorte qu'on puisse tourner avec
un seul proc.
2012/03/05 : Modif permettant de recréer un fichier limit
à partir d'un restart du couplé, permettant d'éviter le o2a.
Ou au moins vérifier la cohérence de restart et limit.
Démarrage en nouvelle physique : Laurent compte s'y remettre.
Sur vargas : mettre une verue pour que create_etat0_limit se lance
automatiquement sur un seul processeur.
Comprendre pourquoi ça plante sous scientific-linux avec gfortran.
Nouveau rayonnement
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Discussion après le poihl.
Jean-Louis, Lionel, David, Marion, Abderrahmane, Marie-Pierre,
thésard de Chantal Claud.
On essaie de re-faire tourner ce qui existait en 1D et 3D.
Réglage d'une nouvelle version du modèle
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En cours
IOs
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Transformer phys_output_write.h en une routine.
Travail en cours (Laurent).
Pouvoir tourner sur un an avec un seul histmth.
Réunion sur le nouveau serveur.
A plus court terme : pouvoir tourner sur un an.
Prochain poihl ouvert autour des IOs.
6 février : présentations + discussion
Développement d'une nouvelle version de la physique.
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On va simplifier le code existant.
Groupe de travail : Laurent, Ehouarn, Frédéric, Lionel, Hubert
Question : que fait on de dudyn et pvtheta dans les arguments
de physique ?
Faire tourner par période de 1 an
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Moyennes à faire à la main.
Inclusion des isotopes
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Identification d'une façon jolie d'inclure les isotopes dans la
dynamique.
Codé chez Camille.