06/02/2012
Compte rendu du Point Hebdomadaire LMDZ du 06/02/2012
durée 3h00
Josefine
--------
Le trusting ne marche plus sur la SX9.
Sébastien
---------
RAS
Jean-Yves
---------
Incorpore les corrections de Nicolas pour la séparation entre
les poches et l'environnement.
Marie-Pierre
------------
Va se mettre sur le 1D.
Va faire tourner le cas du 10 juillet avec les nouveaux formats
définis dans le cadre de Dephy.
Ehouarn
-------
A vérifier que la rev 1611 donnait des résultats différents
à cause de l'ordre des opérations.
A commis les modifications qui permettent d'avoir 1+1=2 dans
la dynamique. Va retourner voir pourquoi.
"phydev" : physique sans physique.
Il faut changer les clefs CPP_EARTH et distinguer un CPP_ERATH
et CPP_PHYS
David
-----
Simulations methane terminées.
Va continuer sur le modèle Boussinesq avec Guebalmaz et Vladimir.
Va utiliser la version 2D longitude-latitude et éventuellement mettre
en place les autres tests standard.
Arnaud
------
Sur vargas :
s'est mis à travailler sur vargas.
Jobs multi-step : permet la dépendance entre les jobs.
Très bien dans le principe.
Quand on enchaîne un job mono et un job parallèle, le job parallèle
a un surcoût d'un facteur 2.
Le trusting marche sur vargas.
Sébabstien Masson
-----------------
SMT sur vargas : tu fais croire qu'il y a 2 fois plus de temps.
Une ligne dans la soumission du job.
curie, la machine du TGCC, est séparé en fat nodes (10% de la
machine, 32 coeurs par noeud) et thin nodes (90%, 16 coeurs par
noeuds).
Adriana
-------
Travaille sur la moyenne résoltion / nouvelle physique.
l'été dernier : simulations AMIP (NPv3.1)
en ce moment : simulations forcées par les SSTs des simulations
historiques.
Ensuite : tester la végétation dynamique.
Puis Inca.
Puis dernier max glaciaire.
Marie-Alice
-----------
Classe vargas :
Pascal Voury veut des classes avec plus de mémoire. Jusqu'à 7 giga
de mémoire par classe.
Bascule du serveur de fichier au TGCC.
Présentation le jeudi 9 février à 14h
Réunion Genci / centres de calculs : point Cmip5
Accent sur les post-traitements.
Aucune info sur le remplacement des machines idris.
Changements courant 2012.
Plus d'info sur la suite de curie.
Mise sur pied d'un groupe spécifique de discussion autour du
stokage et du post-traitement.
L'equipex n'a pas été financé.
Abderrahmane
------------
Continue à suivre les simulations Cmip forcées.
+ simulations off-line avec simulateur Cosp.
Essaie de faire tourner RRTM en off-line.
Retours sur les sorties nuageuses des simulations Amip: analyse en cours
Lionel
------
A mis à disposition sous svn un phy1d + un script dans la page outil
pour préparer les sources.
Jean-Yves doit adapter son script pour lancer les tests.
Laurent
-------
Toutes les simulations nouvelle physique sont terminées.
séries temporelles en cours : grosse galère.
A donné 2 simulations à Sébastien pour Cmorisation.
A porté la chaîne de Cmorisation à l'idris.
Test sur la chaîne aqua-contrôle -> problème sur l'axe des temps
S'est rabattu sur une simulations "no oz de Jean-Louis". Ca marche.
Simulation AMIP nouvelle physique de Lidia à cmoriser.
A réécrit output_phys_write comme une subroutine.
-> a mis pas mal de variables dans les modules.
Mais quelques différences dans les fichiers de sortie.
Anne
----
S'est mise à LMDZ5 ancienne physique.
Retrouve les mêmes résultats.
Tests en 39 niveaux ancienne et nouvelle physique.
Ca tourne.
Un tésard de P. Bousquet va les utiliser. Puis Adriana.
Réunion le 14 mars à 10h.
Catherine
---------
A re-regardé les options sur l'entrainement de la convection
profonde dans la nouvelle physique (suite à la diminution de
la double ITCZ dans Arpege).
Frédéric
--------
Discussion avec le LGGE sur la convergence entre les infra-structures
de LMDZ et de MAR.
Présetation OIserver.
=====================
Exposé par Yann Meurdesoif
--------------------------
Développé par Yann Meurdesoif et un post-doc.
Principe :
séparation des calculs de moyennes et dd'écriture.
Deux modes d'utilisation :
- en librairie.
- ou mode serveur (un ou des executables séparés).
En mode serveur.
Test sur 3000x3000 points de grille.
Très bonnes performances.
Le coût des IOs disparait à 128 procs (soit 12%).
Pour des configs plus légères, le coût disparait à 1 ou qq % des
IOs.
XIOS par Yann :
---------------
Utilisation de XML.
Interface utilisateurs avec hiérarchisation.
Dans le code, uniquement
CALL write_field("field_id",field)
Nouvelle version disponible depuis novembre.
Tout ce qui fait en XML peut être fait à partir du code.
Discussions :
-------------
Même le mode serveur nécessite de tourner avec mpi.
Ecrit en C++
Axes supplémentaires (bins pour les aérosols, spectral, ...)
Gestion des niveaux de sortie.
Icosaèdre
Suivi des actions en cours
==========================
Ajout d'une sous surface pour les lacs :
----------------------------------------
A faire.
Prévoir la prochaine journée utilisateurs :
-------------------------------------------
Fixée au 2 avril.
Lecture des PFTs :
------------------
Disposer d'un diagnostic permettant de vérifier qu'on a fait ce
qu'on croyait en terme de forçage des LaurenPFTs.
Vérification faite sur les historical et RCP IPSLCM5A
A faire sur les AMIP IPSLCM5A et sur tous les IPSLCM5B.
Ajouter El Nino.
Problèmes de convergence en parallèle :
---------------------------------------
Rm de Marie-Alice : essayer sur vargas la derniere version de la
version 1.12 du compilateur.
Convergence des versions parallèles. Se donner les moyens de
remplacer les routines suspectes de changer quand on passe en
parallèle. Fair un clone sequentiel qu'on puisse activer.
Commencer par décortiquer le problème en séparant dynamique/
physique, en regardant si on a aussi le problème sur quelques jours.
Problème variable s_therm :
Variable non reproductible dans les fichiers en histoire moyenne.
Conservation avec la nouvelle physique :
----------------------------------------
A regarder.
Lien avec les problèmes identifiés en 1D.
Problème identifié dans les sorties, en 1D.
Compilation en parallèle sur PCs :
----------------------------------
A fait des FAQs.
Prochaine testing :
-------------------
Prochaine testing avec 1+1=2
Non conservation numérique (1+1=2 dans la dynamique, et changement
inidissip).
1+1=2 :
-------
Problème trouvé dans la dynamique, au moment de l'appel à la dissipation.
Le problème existe aussi sur la prod.
On va commettre.
Josefine va reprendre à partir de là pour la physique.
Réintégrer les sources dyn3dpar à mémoire réduite de Yann :
------------------------- ----------------------------------
Laurent prend la main.
Discuté avec Yann. Il s'en occupe dans 15 jours si on lui envoie un bench. (Josefine s'occupe du bench).
Josefine a envoyé un bench pour le guidage.
create_etat0_limit
-------------------
Démarrage en nouvelle physique : Laurent compte s'y remettre.
Sur vargas : mettre une verrue pour que create_etat0_limit se lance
automatiquement sur un seul processeur.
Comprendre pourquoi ça plante sous scientific-linux avec gfortran.
Nouveau rayonnement
-------------------
Discussion après le poihl.
Jean-Louis, Lionel, David, Marion, Abderrahmane, Marie-Pierre,
thésard de Chantal Claud.
On essaie de re-faire tourner ce qui existait en 1D et 3D.
Réglage d'une nouvelle version du modèle
----------------------------------------
coef_eva
S'organiser
Reprendre
IOs
---
Transformer phys_output_write.h en une routine.
Travail en cours (Laurent).
Réunion sur le nouveau serveur.
A plus court terme : pouvoir tourner sur un an.
Prochain poihl ouvert autour des IOs.
6 février : présentations + discussion
Développement d'une nouvelle version de la physique.
----------------------------------------------------
Groupe de travail : Laurent, Ehouarn, Frédéric, Lionel, Hubert
Faire tourner par période de 1 an
---------------------------------
En cours (Laurent)
Inclusion des isotopes
----------------------
Avoir une discussion avec Camille :
Réunion demain à 11 heures.
avec Josefine, Frédéric, Ehouarn.
Josefine
--------
Le trusting ne marche plus sur la SX9.
Sébastien
---------
RAS
Jean-Yves
---------
Incorpore les corrections de Nicolas pour la séparation entre
les poches et l'environnement.
Marie-Pierre
------------
Va se mettre sur le 1D.
Va faire tourner le cas du 10 juillet avec les nouveaux formats
définis dans le cadre de Dephy.
Ehouarn
-------
A vérifier que la rev 1611 donnait des résultats différents
à cause de l'ordre des opérations.
A commis les modifications qui permettent d'avoir 1+1=2 dans
la dynamique. Va retourner voir pourquoi.
"phydev" : physique sans physique.
Il faut changer les clefs CPP_EARTH et distinguer un CPP_ERATH
et CPP_PHYS
David
-----
Simulations methane terminées.
Va continuer sur le modèle Boussinesq avec Guebalmaz et Vladimir.
Va utiliser la version 2D longitude-latitude et éventuellement mettre
en place les autres tests standard.
Arnaud
------
Sur vargas :
s'est mis à travailler sur vargas.
Jobs multi-step : permet la dépendance entre les jobs.
Très bien dans le principe.
Quand on enchaîne un job mono et un job parallèle, le job parallèle
a un surcoût d'un facteur 2.
Le trusting marche sur vargas.
Sébabstien Masson
-----------------
SMT sur vargas : tu fais croire qu'il y a 2 fois plus de temps.
Une ligne dans la soumission du job.
curie, la machine du TGCC, est séparé en fat nodes (10% de la
machine, 32 coeurs par noeud) et thin nodes (90%, 16 coeurs par
noeuds).
Adriana
-------
Travaille sur la moyenne résoltion / nouvelle physique.
l'été dernier : simulations AMIP (NPv3.1)
en ce moment : simulations forcées par les SSTs des simulations
historiques.
Ensuite : tester la végétation dynamique.
Puis Inca.
Puis dernier max glaciaire.
Marie-Alice
-----------
Classe vargas :
Pascal Voury veut des classes avec plus de mémoire. Jusqu'à 7 giga
de mémoire par classe.
Bascule du serveur de fichier au TGCC.
Présentation le jeudi 9 février à 14h
Réunion Genci / centres de calculs : point Cmip5
Accent sur les post-traitements.
Aucune info sur le remplacement des machines idris.
Changements courant 2012.
Plus d'info sur la suite de curie.
Mise sur pied d'un groupe spécifique de discussion autour du
stokage et du post-traitement.
L'equipex n'a pas été financé.
Abderrahmane
------------
Continue à suivre les simulations Cmip forcées.
+ simulations off-line avec simulateur Cosp.
Essaie de faire tourner RRTM en off-line.
Retours sur les sorties nuageuses des simulations Amip: analyse en cours
Lionel
------
A mis à disposition sous svn un phy1d + un script dans la page outil
pour préparer les sources.
Jean-Yves doit adapter son script pour lancer les tests.
Laurent
-------
Toutes les simulations nouvelle physique sont terminées.
séries temporelles en cours : grosse galère.
A donné 2 simulations à Sébastien pour Cmorisation.
A porté la chaîne de Cmorisation à l'idris.
Test sur la chaîne aqua-contrôle -> problème sur l'axe des temps
S'est rabattu sur une simulations "no oz de Jean-Louis". Ca marche.
Simulation AMIP nouvelle physique de Lidia à cmoriser.
A réécrit output_phys_write comme une subroutine.
-> a mis pas mal de variables dans les modules.
Mais quelques différences dans les fichiers de sortie.
Anne
----
S'est mise à LMDZ5 ancienne physique.
Retrouve les mêmes résultats.
Tests en 39 niveaux ancienne et nouvelle physique.
Ca tourne.
Un tésard de P. Bousquet va les utiliser. Puis Adriana.
Réunion le 14 mars à 10h.
Catherine
---------
A re-regardé les options sur l'entrainement de la convection
profonde dans la nouvelle physique (suite à la diminution de
la double ITCZ dans Arpege).
Frédéric
--------
Discussion avec le LGGE sur la convergence entre les infra-structures
de LMDZ et de MAR.
Présetation OIserver.
=====================
Exposé par Yann Meurdesoif
--------------------------
Développé par Yann Meurdesoif et un post-doc.
Principe :
séparation des calculs de moyennes et dd'écriture.
Deux modes d'utilisation :
- en librairie.
- ou mode serveur (un ou des executables séparés).
En mode serveur.
Test sur 3000x3000 points de grille.
Très bonnes performances.
Le coût des IOs disparait à 128 procs (soit 12%).
Pour des configs plus légères, le coût disparait à 1 ou qq % des
IOs.
XIOS par Yann :
---------------
Utilisation de XML.
Interface utilisateurs avec hiérarchisation.
Dans le code, uniquement
CALL write_field("field_id",field)
Nouvelle version disponible depuis novembre.
Tout ce qui fait en XML peut être fait à partir du code.
Discussions :
-------------
Même le mode serveur nécessite de tourner avec mpi.
Ecrit en C++
Axes supplémentaires (bins pour les aérosols, spectral, ...)
Gestion des niveaux de sortie.
Icosaèdre
Suivi des actions en cours
==========================
Ajout d'une sous surface pour les lacs :
----------------------------------------
A faire.
Prévoir la prochaine journée utilisateurs :
-------------------------------------------
Fixée au 2 avril.
Lecture des PFTs :
------------------
Disposer d'un diagnostic permettant de vérifier qu'on a fait ce
qu'on croyait en terme de forçage des LaurenPFTs.
Vérification faite sur les historical et RCP IPSLCM5A
A faire sur les AMIP IPSLCM5A et sur tous les IPSLCM5B.
Ajouter El Nino.
Problèmes de convergence en parallèle :
---------------------------------------
Rm de Marie-Alice : essayer sur vargas la derniere version de la
version 1.12 du compilateur.
Convergence des versions parallèles. Se donner les moyens de
remplacer les routines suspectes de changer quand on passe en
parallèle. Fair un clone sequentiel qu'on puisse activer.
Commencer par décortiquer le problème en séparant dynamique/
physique, en regardant si on a aussi le problème sur quelques jours.
Problème variable s_therm :
Variable non reproductible dans les fichiers en histoire moyenne.
Conservation avec la nouvelle physique :
----------------------------------------
A regarder.
Lien avec les problèmes identifiés en 1D.
Problème identifié dans les sorties, en 1D.
Compilation en parallèle sur PCs :
----------------------------------
A fait des FAQs.
Prochaine testing :
-------------------
Prochaine testing avec 1+1=2
Non conservation numérique (1+1=2 dans la dynamique, et changement
inidissip).
1+1=2 :
-------
Problème trouvé dans la dynamique, au moment de l'appel à la dissipation.
Le problème existe aussi sur la prod.
On va commettre.
Josefine va reprendre à partir de là pour la physique.
Réintégrer les sources dyn3dpar à mémoire réduite de Yann :
------------------------- ----------------------------------
Laurent prend la main.
Discuté avec Yann. Il s'en occupe dans 15 jours si on lui envoie un bench. (Josefine s'occupe du bench).
Josefine a envoyé un bench pour le guidage.
create_etat0_limit
-------------------
Démarrage en nouvelle physique : Laurent compte s'y remettre.
Sur vargas : mettre une verrue pour que create_etat0_limit se lance
automatiquement sur un seul processeur.
Comprendre pourquoi ça plante sous scientific-linux avec gfortran.
Nouveau rayonnement
-------------------
Discussion après le poihl.
Jean-Louis, Lionel, David, Marion, Abderrahmane, Marie-Pierre,
thésard de Chantal Claud.
On essaie de re-faire tourner ce qui existait en 1D et 3D.
Réglage d'une nouvelle version du modèle
----------------------------------------
coef_eva
S'organiser
Reprendre
IOs
---
Transformer phys_output_write.h en une routine.
Travail en cours (Laurent).
Réunion sur le nouveau serveur.
A plus court terme : pouvoir tourner sur un an.
Prochain poihl ouvert autour des IOs.
6 février : présentations + discussion
Développement d'une nouvelle version de la physique.
----------------------------------------------------
Groupe de travail : Laurent, Ehouarn, Frédéric, Lionel, Hubert
Faire tourner par période de 1 an
---------------------------------
En cours (Laurent)
Inclusion des isotopes
----------------------
Avoir une discussion avec Camille :
Réunion demain à 11 heures.
avec Josefine, Frédéric, Ehouarn.